La Commission européenne a annoncé, le 21 janvier 2016, qu'elle exigeait des Pays-Bas qu'ils suppriment l'exonération de l'impôt sur les sociétés dont bénéficient leurs six ports maritimes afin d'aligner le régime sur les règles de l'UE en matière d'aides d'Etat. Dans deux décisions distinctes, la Commission propose également à la Belgique et à la France d'aligner leur régime d'imposition des ports sur les règles en matière d'aides d'Etat. La concurrence transfrontière joue un rôle important dans le secteur portuaire et la Commission est résolue à garantir des conditions de concurrence égales dans ce secteur économique essentiel. Lorsqu'elles exercent des activités économiques, les entreprises publiques sont en concurrence avec des opérateurs privés qui sont soumis à l'impôt sur les sociétés. L'exploitation commerciale d'infrastructures portuaires constitue une activité économique. Lorsqu'elles exercent des activités économiques, les entreprises publiques doivent payer l'impôt sur les sociétés de la même manière que les sociétés privées. Ces activités économiques se distinguent d'autres activités liées à l'exploitation d'infrastructures dans l'exercice d'activités relevant des fonctions essentielles de l'Etat (sécurité, surveillance, contrôle du trafic...) qui échappent au contrôle des aides d'Etat par l'UE. La Commission a donc estimé que la législation néerlandaise répond à ses réserves concernant les aides d'Etat sauf pour les six ports maritimes qui restent exonérés de l'impôt sur les sociétés. Elle est parvenue à la conclusion que cette exonération devait elle aussi être supprimée pour mettre fin aux distorsions de concurrence qui en résultent. En Belgique, toute une série de ports maritimes et fluviaux (notamment les ports d'Anvers, de Bruges, de Bruxelles, de Charleroi, de Gand, de Liège, de Namur et d'Ostende, ainsi que les ports situés le long des canaux de la province du Hainaut et de Flandres) ne sont pas assujettis au régime général d'imposition des sociétés. Ces ports sont imposés selon un autre régime, fondé sur une assiette et des taux différents. La plupart des ports français, notamment les 11 "grands ports maritimes" (les ports de Bordeaux, Dunkerque, La Rochelle, Le Havre, Marseille, Nantes - Saint-Nazaire et Rouen et aussi Guadeloupe, Guyane, Martinique et Réunion), le Port autonome de Paris et les ports exploités par des chambres de commerce et d'industrie, sont totalement exonérés de l'impôt sur les sociétés. La Commission estime, à titre préliminaire, que, tant en Belgique qu'en France, les régimes existants confèrent aux ports un avantage sélectif susceptible de constituer une violation des règles de l'UE en matière d'aides d'Etat. Chaque pays dispose à présent d'un délai de deux mois pour réagir.
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