Deux commissaires du Gouvernement représentent l'Etat auprès de l'union. Ils assistent aux séances du conseil d'administration et peuvent se faire communiquer tous documents. Ils peuvent conjointement demander que l'union procède à une seconde délibération sur les avis prévus au 4° de l'article L. 313-19 et sur les décisions relatives aux contributions prévues à l'article L. 313-20. La confirmation de la décision prise par le conseil d'administration en première délibération ne peut être acquise qu'à la majorité des membres composant le conseil.